• برش قرنیه گیرنده به صورت خارج از مرکز. در این حالت برش دایره ای در یک سمت به محیط قرنیه نزدیک می‌شود که باعث افزايش آستیگماتیسم پس از عمل شده و احتمال دفع پیوند را افزایش می‌دهد.
• برش نامنظم و مایل در قرنیه دهنده و یا گیرنده که باعث آستیگماتیسم‌های بالا پس از عمل می‌شود.
• ورود ناگهاني به داخل چشم: در حین برش قرنیه گیرنده ورود سريع و ناگهاني به داخل چشم می‌تواند منجر به صدمات بافت‌های داخل چشمی شامل عنبیه و عدسي شود. آسیب عنبیه در این مرحله می‌تواند باعث فلج آن و گشاد ماندن مردمک شود. آسیب به عدسی در حین برش قرنیه منجر به آب مروارید می‌گردد. بالارفتن فشار چشم و انسداد مردمک(Pupillary Block) در حین عمل باعث بیرون آمدن عنبیه و مشکل شدن مراحل عمل جراحی می‌شود. کنترل فشار چشم از طریق تزریق وریدی محلول با اسمولاریتی بالا(مانیتول20درصد) در این شرایط کمک کننده است.
نکته مهم جهت پیشگیری از این عارضه برطرف کردن عوامل خطر در صورت امکان مانند کنترل فشار داخل چشم قبل و حین عمل و انجام سریع مراحل عمل به منظور کوتاه کردن مدت زمانی که چشم باز است، می‌باشد. این عارضه خطرناک در پیوند نفوذی دیده می‌شود و در پیوند به روش لایه‌ای قدامی اتفاق نمي‌افتد.
• آسیب قرنیه دهنده: صدمات حین عمل به قرنیه دهنده منجر به کاهش تعداد سلول‌های اندوتلیال و ازاین رو کاهش بقای پیوند می‌شود.

صدمه به عدسی: در صورتی‌که فرد قبلا تحت عمل جراحی خارج کردن آب مروارید و کاشت لنز مصنوعی داخل چشم قرار نگرفته باشد احتمال آسیب به لنز در حین جراحی در مرحله وارد کردن بافت دهنده به داخل چشم و یا تزریق هوا وجود دارد. این آسیب می‌تواند منجر به کدورت‌های غیر پیشرونده در لنز و یا ایجاد آب‌مروارید گردد.

عوارض حین عمل در پیوند لایه‌ای قدامی عمیق (DALK)

• برش قرنیه گیرنده به‌صورت خارج از مرکز ( به مبحث قبل مراجعه شود)
• برش نامنظم و مایل در قرنیه دهنده یا گیرنده ( به مبحث قبل مراجعه شود)
• سوراخ شدن غشا دسمه قرنیه گیرنده حین عمل: همان‌طور که در مبحث تکنیک جراحی توضیح داده شد، هدف از جراحی پيوند لایه‌ای قدامی عمیق، حفظ غشا دسمه و سلول‌های اندوتلیال قرنيه گیرنده به‌طور یکپارچه می‌باشد. با این حال ممکن است این لایه در هر مرحله از عمل شامل برش قرنیه گیرنده، جدا کردن استروما از غشا دسمه و بخیه کردن قرنیه دهنده به گیرنده سوراخ شود. در صورتی‌که سوراخ شدن غشا دسمه کم باشد امکان ادامه عمل به‌صورت لایه‌ای قدامی عمیق وجود دارد گرچه احتمال تشکیل اتاق قدامی کاذب پس از عمل در این موارد افزایش می‌یابد. در صورتی‌که پارگی غشا دسمه زیاد باشد ممکن است لازم باشد عمل جراحی به پیوند نفوذی تبدیل گردد. تبدیل تکنیک عمل از پیوند لایه‌ای به نفوذی برروی پیامد جراحی اثر منفی ندارد.